Фарид,
1) требований к оргструктуре нет, она не является обязательной, хотя, если организация выходит на сертификацию, то с большой долей вероятности орган по сертификации попросит оргструктуру. Иначе ему сложно будет планировать аудит.
2) расчет трудоемкости аудита идет от численности работников. Причем, учитывается не вся численность, а то количество сотрудников, которое попадает в область действия сертифицируемой системы менеджмента.