Фарит,
у меня, наверно, едва ли не треть проектов как раз из серии "консультанты нам сделали СМК, не могли бы вы заставить систему работать"

. Сразу скажу, что это непросто и требует знаний и опыта.
Т.к., насколько понял, задачу "оживления" СМК "повесили" на Вас, то отвечаю на те вопросы, на которые можно ответить на форуме.
1. Чем отличаются органы по сертификации? Какова целесообразность и выгода при сертификации у престижного органа?Органы по сертификации (ОС), проводя аудит, должны придерживаться определенных правил. Например, обеспечить требуемую компетентность аудитора, проводить аудит объективно, честно, делать выводы и заключение, основываясь на фактах и т.д. Соответственно, известные ОСы более-менее следуют правилам, что отражается на 1) стоимости аудитов и 2) значимости сертификатов. Таким образом, если организации нужна просто бумажка на стену (чтобы отстали, чтобы в СРО вступить и т.п.), то подойдет любой ОС. Если же надо, скажем, работать с зарубежным партнером, который хочет иметь уверенность в постоянстве качества продукции и выполнении контрактных обязательств, то будет признан сертификат только того ОС, который авторитетен на Западе. Рисую упрощенную картину - исключительно для общего понимания.
Таким образом, к какому ОС обратиться, выбирает сама организация, исходя из своих задач и бюджета.
2. Как измерить функционирование СМК? У нас есть паспорта процессов, с измеримыми выходными данными. Можно ли измерить СМК взяв за среднее значение выполнения процессных показателей?Это как раз вопрос, ответ на который может потянуть на целую книгу. Насколько я понял, Ваша СМК выстроена (а точнее сказать "выстроена") в соответствии с ISO 9001. Этот стандарт устанавливает две основные цели для системы:
- непрерывная поставка продукции, соответствующей требованиям,
- рост удовлетворенности потребителя.
Соответственно, для оценки результативности СМК организация, как минимум, должна использовать показатели, которые отражают уровень соответствия ее продукции требованиям и динамику удовлетворенности потребителя.
Что касается использования для этой цели среднего значения процессных показателей, то организация все может, что разрешено законами природы

. Весь вопрос в том, зачем ей нужна эта оценка. Если она хочет
управлять, то показатели должны быть связаны с управляемой деятельностью и отражать какие-то ее аспекты, давая возможность принимать адекватные управленческие решения. Если же задача просто иметь формальную оценку, чтобы показать, что оценивали, то исходные данные могут быть любыми, ибо ценность тогда не в результате, а в самом действии.
3. Для проведения внутреннего аудита СМК, обязательна ли обученность по ISO 9001? Если мы примем в штат выпускника окончившего университет по специализации Управление качеством, обязательно ли ему тоже проходить данное обучение?Требования к внутренним аудиторам устанавливает сама организация. Хотя, если честно, я плохо представляю себе аудитора, идущего проверять систему и не знающего требований, соответствие которым он должен проверять. Принимая во внимание, что время от времени организации таки надо проверять свою СМК на соответствие ISO 9001, то знание требований этого стандарта, очевидно, становится обязательным.
Принять в штат выпускника организация вполне себе может, нет никаких запретов, была бы вакансия и фонд оплаты труда

. Вопрос только в том, что она будет ожидать от этого выпускника. Зная уровень подготовки по этой специальности, этот выпускник точно не будет уметь ни выстраивать систему, ни проводить ее аудит. Если толковый, то через годик начнет что-то соображать, а если нет, то ...
4. Так же у нас на предприятии существуют как паспорта процессов, так и регламенты процессов, которые по сути не имеют ничего общего между собой. Так вот, для СМК процессами являются измеримые паспорта процессов описанные в самом Руководстве по качеству, а тогда что значат регламенты процессов? Просто нормативными документами регламентирующий направление деятельности? Дело в том что консалтинговая фирма, которая внедряла СМК создала эти самые паспорта процессов, а в последствии, уже никак с этим несвязанно, начали рождаться регламенты процессов. И что теперь выделить как основные процессы СМК - вопрос.Не могу не заметить, что паспорта процессами являться не могут, т.к. процесс - это совокупность видов деятельности, а не документов.
Фарит, Вы же понимаете, что разобраться, что там "наколбасили" консультанты и прочие причастные, зная исключительно только то, что вы написали, совершенно невозможно. Хотя, безусловно, наличие двух несвязанных между собой типов документов, описывающих один и тот же объект управления - хороший повод для сомнений.
5. Так же вопрос: как понять какие процессы должны быть описаны, регламентированы и должны измеряться? Понятно что конечно это должен быть процесс "производство", но что еще кроме него?Это тоже из тех вопросов, на которые невозможно ответить заочно. И, опять же, все зависит от того, зачем выделяются процессы. Если для реального управления - это одно, если, чтобы аудторы сертификат дали - это другое.
6. Какая разница между картой процессов СМК и схемой взаимодействия процессов СМК и может ли это быть одно и то же?Никакой