Сергей,
я бы рассматривал вариант решения указанной Вами проблемы, требующий минимальных изменений. Поэтому оставил бы так, как есть, имея в виду распределение ответственности между коммерческим директором (КД) и главным инженером (ГИ).
Ваш вопрос, насколько я понимаю, в том, как тогда быть с единым процессом, с единством управления. А дело здесь как раз в том, что ни КД, ни ГИ не являются «владельцами
(прости господи) единого процесса» и, если бы кто-то спрашивал моего совета, то я бы сказал, что и не надо кого-то из них делать таковым. Это задача как раз для того самого «системщика», о котором мы говорили в другой ветке. Именно он должен будет отслеживать случаи недовольства клиента, связанные с нарушением коммуникаций между процессом ГИ и КД, и предлагать системные меры снижения числа этих случаев.
На всякий случай для Романа: да, отслеживание проблем на стыках процессов – это функция директора, которую он поручает (делегирует) «системщику»

.
Сергей, не исключено, что в Вашей ситуации таким «системщиком» являетесь Вы сами.
Кстати, в одной из компаний встречал схожую ситуацию: специалисту, который приезжает по вызову к клиенту, надо принимать решения, напрямую с его функциями не связанные (в частности, брать-не брать заказ, скидки и т.п.). Компания разработала и снабдила всех таких специалистов замечательно сделанной (сам видел) инструкцией, где прописан алгоритм, как действовать в том или ином случае. Есть и обращение к менеджерам (я ж говорю, ситуация у них очень похожа на Вашу). Кстати, и распределение ответственности между специалистами схожее: «курьер» (назовем его так) работает под Техническим директором, а менеджеры – под коммерческим. А «женит» их (т.е. обеспечивает единство управления) начальник отдела СМК, который выполняет роль «системщика» (пресловутого ВП).
Т.о., подводя итог, я бы сказал, что у Вас проблема не в том, к какому процессу отнести, а кто отвечает за единое управление «сквозным («
спокойствие, только спокойствие» - Карлсон ©) процессом».